可以通过大便检查粪便钙蛋白酶来筛查隐性肠炎。但是，正常的检查并不能排除炎症性肠病，阳性的检查是高度提示性的。胶囊内镜检查Capsule Endoscopy是指人吞下药丸中的摄像头，可以对肠道进行拍照。这也可以帮助诊断炎症性肠病。
诊断克罗恩病的第一线检查是内镜检查（胃十二指肠镜和回肠结肠镜检查）。内镜缓解（粘膜病变愈合）不一定与临床缓解（症状消失）相关，因此，如果根据以往的症状，对该病有很高的怀疑，内镜检查仍可作为一线诊断检查。例如，一个21岁的男子，有两个姐姐，有两个姐姐患有克罗恩病，1年前有血性腹泻的病史，1年前有血性腹泻的病史，经血液检查发现贫血和B12缺乏。这个病人即使在发病时没有症状，也应该做内镜检查。
如另一个答案所述，可以使用粪便炎症标志物（粪便钙蛋白）和血清学炎症标志物（ESR、CRP）。在这种情况下，如果对疾病的怀疑度相当低，而且目的是为了避免进行内镜检查，那么它们的作用是作为 “排除 "检查。最后，胶囊肠镜检查、CT肠镜和MRI肠镜是一种非侵入性检查，可用于评估小肠，尽管没有症状，但可能显示出粘膜病变。CT和MRI也可以确定克罗恩病的其他并发症，如瘘管、脓肿或肠穿孔等，尽管这些疾病肯定会有症状。