肠道原虫和管腔原虫通常在粪便标本中鉴别，血原虫通过显微镜检查血片检查（疟疾），淋巴结活检和血清学检查（弓形虫病），线虫、绦虫和滴虫通过粪便/痰/尿标本中的虫卵/幼虫鉴别。晚期的疾病状态可能需要做影像学检查，如神经囊虫病中的中枢神经系统的核磁共振等。
治疗是针对相关的寄生虫进行特异性的治疗。
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肠道寄生虫可以通过大便检查（必要时还可以进行额外的血液检查）来检测出肠道寄生虫。需要注意的是，这些检查往往是假阴性的，也就是说，即使你有寄生虫，也可能无法检测出寄生虫，所以如果你仍然怀疑自己有寄生虫，就需要重复检查。治疗方法是根据寄生虫的类型，使用抗寄生虫药物进行治疗。
当寄生虫侵入身体其他器官时，可以使用CT、核磁共振或器官活检。常见的肠道寄生虫（美国家庭医生）](http://www.aafp.org/afp/2004/0301/p1161.html)
在疾病控制和预防中心上，你有一个广泛的寄生虫病的A-Z列表，并有详细的症状、检查和治疗的链接。