在我们讨论安全性之前，我不会同意这两种药的效果 “同样好"。虽然拉尼替丁（一种组胺2-受体拮抗剂-H2A）是一种疗效较好的药物，但研究表明，质子泵抑制剂-PPI（如奥美拉索）更有效。(1，2) 【其中一项研究】(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7926494)得出结论：
奥美拉唑的维持治疗(每天一次20或10mg)优于拉尼替丁(每天两次150mg)，可使侵蚀性反流性食管炎患者在12个月内保持缓解。
至于安全性，牛津大学医学科学部在对PPI和H2A在GORD中的系统综述中指出：
因药物相关不良事件而退出研究的发生率显示[…]。PPI的不良事件退出率为2.5%，H2A的不良事件退出率为4.2%。这种不良事件停药率较少的趋势与PPI显著–相对风险为0.61（0.41-0.91）。NNH为50（26-251）。**这意味着每五十名反流性食道炎患者中，每五十名使用质子泵抑制剂治疗的反流性食道炎患者中，就有一名不会出现严重的治疗相关的并发症，谁会有严重的治疗相关的并发症，而他们使用H2A治疗。每种药物可能出现的副作用及其频率的详细清单可在各自的产品特性摘要–SPCs中找到。4，5）
（编辑：对于长期的副作用和风险，可能要过很多年才会被发现，这也是为什么药物的安全性不断被重新评估的原因，尤其是通过药物安全监察系统。最近有一些很新的研究表明，使用PPIs可能会有额外的长期风险，这一点在Iblis伯爵的回答中已经解释过了）
然而，在孕期的拉尼替丁和其他H2As被列为B类药物，而奥美拉索被列为C类药物，第二种是根据动物实验显示的效果来确定的。从人类获得的关于妊娠期的安全数据多于奥美拉索的数据。B类药被认为比C类药更安全，其他PPIs被归为B类。 (6)
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*最终，选择何种药物应该由医生决定，医生了解你的具体病情和整体健康状况。 * 更重要的是，如果病情持续存在（你询问长期使用），医生应该关注你的病情和治疗进展情况。
最近的研究结果指出，长期使用PPIs会对健康造成严重的不良风险。这些药物会增加患心脏病的风险，增加患痴呆症和慢性肾脏病的风险。这些不良反应是最近才发现的。与心脏疾病的关联性过去是有争议的，但最近获得的证据表明，它与心脏疾病有牢固的因果关系。
正如Lucky的回答中提到的，PPIs的作用比H2As好，所以决定使用哪种药物必须基于医生的可靠风险评估。目前的证据表明，除了预防肠道出血等危及生命的问题，至少不应该再开PPIs。