MRI扫描的最大好处之一就是安全。与PET、X射线、CT和大多数其他扫描不同的是，核磁共振扫描是利用身体组织在磁场中的特性来产生图像。MRI机器产生强大的磁场，与身体组织相互作用，产生无线电波，再由计算机解读，确定组织的位置1
然而，这并不意味着MRI完全没有风险。首先，核磁共振成像仪基本上就是一个巨大的磁铁。如果一个人的身体里有金属，来自于医疗植入物、车祸、甚至是不恰当的纹身，核磁共振机器就会将其移动，有可能是剧烈的移动。在医疗植入物的情况下，核磁共振机器很容易破坏任何电子元件2 体内可能存在金属的原因有很多不同的原因3 这就是为什么核磁共振技术专家经过培训后会反复询问可能存在的金属的原因。这些化学物质通常很快就会被人体清除，除了肾功能下降的人外，大多数情况下是安全的。然而，也有过敏反应和副作用的案例4 另外，最近，有可疑的研究提出钆类造影剂与肾脏系统性纤维化之间可能存在联系，尽管美国FDA表示，这种联系仅在肾脏疾病患者中显著。因为“NSF还没有在肾功能正常的患者中报道过” 5
在健康人中，肾脏功能正常，没有医疗植入物，没有不当的纹身，也没有金属嵌入体内，核磁共振是完全安全的，一次甚至是相当频繁的。