活人的肠道是不可能完全消毒的。重复：在任何情况下都不可能。
你可以通过使用大剂量的抗生素和大量冲洗肠道来显著减少生物体的数量，而大量冲洗，我的意思是说你的摄入量加上渗透剂，以至于你有爆炸性的腹泻，看起来像纯净水。(事实并非如此。)
即使有了这一切，拭子会发现大量的CFU(菌落形成单位)，从看似完美无瑕的肠道中发现。现在已经有无菌小鼠、大鼠，可能还有一些其他动物。获得它们是很困难的：必须通过牺牲一只怀孕的雌性动物，在最严格的无菌条件下，将胎儿从子宫中取出，在无菌环境中生长，给它们喂食无菌食物（显然是经过加工的），等等。让这些动物繁殖，其结果是–最终是–无菌群落。
成本惊人。如果能更容易地对小鼠的内脏进行消毒，就可以了 【无菌小鼠】(https://irp.nih.gov/catalyst/v19i4/germ-free-mice)
注：下面的答案已经完全改写了。
肠道中存在着大量的微生物，它们的存在是能够正常消化食物的必要条件。肠道的内膜含有活细胞，所以任何完全消毒的方法，对肠道也会对肠道造成严重的伤害。相比之下，对皮肤进行杀菌是另一回事，在这种情况下，远紫外线-C光可以杀死微生物而不会造成损害，因为远紫外线-C光不能穿透皮肤的深度，不足以影响活细胞。