和几乎所有产品一样，使用葡萄糖酸氯己定漱口水（CGM）也会有一些副作用。幸运的是，这些副作用通常都很轻微，而比较严重的副作用则极为罕见。WebM 1 列出了一些使用CGM的常见副作用，如牙齿和口腔变色、味觉问题和牙石形成的增加等。此外，也有一些比较严重的副作用，但大多是对其成分的过敏反应，非常罕见。FD2也说过，使用含葡萄糖酸洗必泰的产品可能会出现严重的过敏反应。
在使用含洗必泰的牙科产品上市后的使用过程中，也有过敏性休克以及严重的过敏反应的报道。
有研究表明，有研究结果与WebMD所说的信息一致。其中许多研究都比较老，但其结果仍然是可靠的。1988年的一项研究3测试了0.1%和0.2% CGM之间的差异。结果发现，两者都有可能出现变色和失去味道等轻微的副作用。两者之间唯一明显的区别是受试者更喜欢0.1%的CGM的味道。虽然使用CGM会有副作用，但很可能不会很严重。而且，使用CGM的好处很可能会大于风险。2006年一项关于葡萄糖酸洗必泰和CG6的研究发现，当正确使用时，外用和漱口水都有助于治疗牙菌斑和预防牙龈炎。您使用CGM的好处很可能会超过风险。如果你真的担心CGM会产生不良的副作用，请询问医生，并尝试找出你是否对其中的任何成分过敏。
1: WebMD-葡萄糖酸洗必泰漱口水的副作用 2: PerioChip(葡萄糖酸洗必泰) 3: 副作用和患者接受0.2%与0. 1%洗必泰作为术后预防性漱口水使用 4：洗必泰漱口水漱口后牙龈出血情况 5：洗必泰漱口水漱口后牙龈出血与机械性口腔卫生与否的比较 6：洗必泰漱口水漱口后牙龈出血情况的影响。口服漱口剂和外用洗必泰对人类牙菌斑和牙龈炎的影响 葡萄糖酸洗必泰漱口剂 葡萄糖酸洗必泰漱口剂（Peridex、Periogard、Periochip）